ვახუშტი ბაგრატიონის სახ. გეოგრაფიის ინსტიტუტი დაარსდა 1933 წელს თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის გეოგრაფიის ფაკულტეტის კათედრების ბაზაზე. საქართველოში გეოგრაფიული დაწესებულებების შექმნის ცდებს ადრეც ჰქონდა ადგილი. ამ საქმის სულისჩამდგმელი და ინიციატორი იყო საქართველოში გეოგრაფიული მეცნიერებისა და ქართული გეოგრაფიული სკოლის ფუძემდებელი, საქართველოს მეცნიერებათა აკადემიის აკადემიკოსი ალექსანდრე ჯავახიშვილი.

დღეს ინსტიტუტი უნივერსიტეტის  სამეცნიერო-კვლევითი სტრუქტურული ერთეულია.
ინსტიტუტის მიზანია ხელი შეუწყოს გეოგრაფიის დარგში სამეცნიერო-კვლევითი და სასწავლო პროცესების ეფექტურად წარმართვას, საერთაშორისო სტანდარტების დანერგვასა და სამეცნიერო კადრების მომზადებას. ინსტიტუტის მისიაა, ძირითადად ფუნდამენტური და ასევე, გამოყენებითი ხასიათის სამეცნიერო-კვლევითი,  საკონსულტაციო და საექსპერტო საქმიანობის განხორციელება, გამოყენებითი მიმართულების სამუშაოების წარმოება სახელმწიფო ან კერძო სექტორის დაკვეთით.
გეოგრაფიის ინსტიტუტის  სამეცნიერო-კვლევით თემატიკაში  ძირითადი ყურადღება ეთმობა საქართველოს  ბუნებაში მიმდინარე სტიქიური პროცესების, ბუნებრივი  და საზოგადოებრივი რესურსების აღრიცხვას, შესწავლასა და შეფასებას.
გეოგრაფიის ინსტიტუტის საქმიანობის პროგრამა მოიცავს ბუნებრივი და საზოგადოებრივ-რესურსული პოტენციალის კვლევას შემდეგი მიმართულებებით:
ა) რელიეფის (გეომორფოლოგიური - მყინვარული, სპელეოლოგიური); ბ)კლიმატური; გ) წყლის; დ) ლანდშაფტურ-ეკოლოგიური; ე) გეოპოლიტიკური: ტერიტორიის სიდიდე, კონფიგურაცია, მდებარეობა, წესწყობილება, უსაფრთხოების სახეები (სტრატეგიული, ეკონომიკური, სოციალური, ეკოლოგიური, კულტურული) და ა.შ.; ვ) ისტორიულ-კულტურული პოტენციალი; ზ) დემოგრაფიული; თ) ეკონომიკური; ი) რეკრეაციული (ტურისტული, სპორტული); კ) კარტოგრაფია-გის ტექნოლოგიების.
ინსტიტუტის სამეცნიერო კვლევების შედეგებს აქვს როგორც ფუნდამენტური, ასევე გამოყენებითი ხასიათი. ინსტიტუტის კარსტოლოგიისა და სპელეოლოგიის ლაბორატორიის თანამშრომელთა უშუალო მონაწილეობით აღმოჩენილი და შესწავლილი იქნა საქართველოს 1500-ზე მეტი მღვიმე და უფსკრული, მათ შორის ახალი ათონისა და წყალტუბოს (ყუმისთავის) ცნობილი მღვიმეები. კვლევის შედეგები გათვალისწინებული იქნა დასახელებული მღვიმეების ტურისტული მიზნებისათვის კეთილმოწყობის პროექტების  შედგენისას. 
ინსტიტუტი ერთადერთი ორგანიზაციაა, სადაც მომზადდა და გამოიცა საქართველოს ეროვნული ატლასები (1964, 2012, 2018), საქართველოს ტერიტორიის სხვადასხვა თამტიკის და მასშტაბის ციფრული  რუკები; ამჟამად მიმდინარეობს საქართველოს რეგოინული ატლასების სერიის შედგენა.
ისტორიული გეოგრაფიის თვალსაზრისით, განსაკუთრებული ყურადღება ექცევა ტოპონიმების აღნუსხვას და შედარებას ისტორიულ წყაროებში მოხსენიებულ გეოგრაფიულ სახელწოდებებთან. ამით, გვეძლევა ძველი, დაკარგული გეოგრაფიული სახელწოდებების ლოკალიზაციის დადგენის საშუალება. ინსტიტუტი თანამსრომლობს ინფრასტრუქტურის სამინისტროსთან არსებულ ტოპონიმიკის დამდგენ კომისიასთან.
ინსტიტუტი პერიოდულად გამოსცემს   გეოგრაფიის ინსტიტუტის შრომებს. 2020 წლიდან მზადდება ინგლისურენოვანი ელექტრონული სამეცნიერო ჟურნალი. ინსტიტუტში მიმდინარეობს ახალგაზრდა სამეცნიერო კადრების მომზადება, ხორციელდება არაერთი ადგილობრივი და საერთაშორისო სამეცნიერო საგრანტო პროექტი.

სტრუქტურული ერთეულების (დეპარტამენტი, განყოფილება, ლაბორატორია) ჩამონათვალი: